D'une superficie de 3150 hectares pour 17000 habitants environ, la ville de Bouguenais est reliée au nord de l'agglomération nantaise par le pont de Cheviré. Le périphérique lui confère une situation géographique très appréciable avec un accès aux routes de Vannes, Rennes, Paris, Bordeaux ou Poitiers. Par ailleurs, la route de Pornic place la ville à 30 minutes de la côte de Jade et la gare TGV de Nantes est à 10 minutes. Comme son nom ne l'indique pas, l'aéroport de Nantes-Atlantique est situé sur le territoire communal. Avec un trafic annuel de près de 1,5 million de passagers, il demeure «l'aéroport du grand Ouest», qui offre aux habitants de l'agglomération une grande ouverture sur le monde.
   
L'identité urbaine de Bouguenais est profondément marquée par la séparation de ses quartiers entre deux pôles urbains : les Couëts à l'est et la Croix-Jeannette à l'ouest. Cette dualité héritée de l'histoire est aujourd'hui renforcée par la présence du périphérique qui coupe la commune en deux. Avec une volonté affirmée d'équilibre, c'est autour de ces deux pôles que la commune pense le développement urbain à venir, avec les projets «Grande Ouche» aux Couëts et «Pierre Blanche» entre le Bourg et la Croix-Jeannette.
    
L'autre identité de Bouguenais, ce sont ses 48 villages. La Ville cherche à limiter le développement urbain autour de ces ensembles, afin de sauvegarder leurs spécificités architecturales et de préserver la qualité de vie à Bouguenais, tout en mettant en valeur son riche patrimoine historique. Cette préservation des origines rurales de la Ville se traduit aussi par le soutien de la municipalité au maintien de l'agriculture, volonté concretisée par le programme Pollen. Ainsi, dans le Plan d'Occupation des Sols adopté en 1998, près de 40% du territoire bouguenaisien a été classé en zone à vocation agricole et 20% en espaces naturels protégés.